În anul 1866, fericitul papă Pius al IX-lea a încredinţat călugărilor redemptorişti (congregaţie fondată de sfântul Alfons Maria de Liguori în anul 1732) icoana sfintei Fecioare Maria, Maica Ajutorului Perpetuu. Papa le-a propus călugărilor să o răspândească în toată lumea.

Misionarii redemptorişti ajung în Filipine în anul 1906, ducând cu ei o copie a acestei icoane (originalul se poate vedea în biserica "Sfântul Alfons" din Roma). Pentru început au aşezat icoana în biserica mică de lemn a unui sat de pescari, Opon.

În anul 1929, comunitatea se transferă la Baclaran, în sudul capitalei, Manila.

Biserica de aici era dedicată sfintei Tereza de Lisieux, însă o familie din Baclaran, Ynchaustí, a susţinut financiar construirea unui altar dedicat acestei icoane a Mariei. Redemptoriştii au realizat o versiune mai mare a icoanei, pentru a fi mai vizibilă. Când lucrările au fost terminate, biserica a devenit foarte cunoscută şi asaltată de pelerini.

În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, invadatorii japonezi au distrus multe lăcaşuri de cult, printre care şi biserica, iar congregaţia a fost dispersată. Icoana însă a fost încredinţată unei familii şi aşa a fost salvată.

În anul 1953 s-a pus piatra fundamentală a bisericii de azi, după proiectul arhitectului César Homero R. Concio, iar consacrarea a avut loc la 1 decembrie 1958.

Biserica, declarată sanctuar naţional, este una dintre cele mai mari din Filipine (110 m lungime, 36 m lăţime) şi are o capacitate de 9.000 de locuri în picioare şi 2.000 în bănci. În interior totul pare simplu, însă toată frumuseţea se concentrează în prezbiter, unde este amplasată icoana, deasupra altarului. Icoana are ca fundal un medalion mare, albastru, din mozaic, iar dedesubt, ca suport, un mănunchi de spice stilizate. Deasupra domină un ciboriu imens, ornat cu mozaic.

Faţada sanctuarului are forma unei harpe, ce ar vrea să cânte mereu preamărire Mariei.

În anul 2015 s-a adăugat un turn, la o oarecare distanţă de biserică, lângă bulevard, şi au fost instalate 24 de clopote care bat timp de 15 minute înaintea oricărei sfinte Liturghii sau novene. Pe părţile laterale ale turnului sunt patru mozaicuri cu icoana Maicii Ajutorului Perpetuu.

La Manila, ziua de miercuri se mai numeşte şi "Ziua Baclaran", deoarece străzile sunt pline de pelerini ce merg spre sanctuar. Se estimează că în fiecare miercuri ar fi 100.000 de pelerini şi 80.000 duminica.

Specifică icoanei Maicii Ajutorului Perpetuu este Novena, o devoţiune ce conţine nouă invocaţii şi care se recită miercurea (repetându-se de 13 ori, la diferite ore) şi duminica. A fost compusă în anul 1946, dar nu la Baclaran, ci într-o altă biserică redemptoristă, Iloilo.

Sanctuarul îşi celebrează sărbătoarea anuală la 27 iunie, ziua liturgică a icoanei.

Despre filipinezi se spune că sunt "poporul îndrăgostit de Maria". Rectorul sanctuarului spunea că, "dacă filipinezii sunt azi trimişi în misiune în lumea întreagă, ei poartă în dar iubirea faţă de Fecioara Maria. Devoţiunea faţă de Maica Domnului este adânc înrădăcinată în cultura filipineză".

La începutul anului 1970, cardinalul-arhiepiscop de Cracovia, Karol Wojtyla, făcând o escală la Manila, a celebrat o Liturghie la Baclaran, dar a revenit ca papă, în anul 1981, în cadrul vizitei apostolice în Filipine. Aici, întâlnind persoanele consacrate, spunea: "Ştiu că ţara voastră e una în care înfloresc vocaţii la viaţa consacrată... şi mă bucur că această întâlnire are loc în acest sanctuar dedicat Mariei, Maica Ajutorului Perpetuu, un titlu care ne aminteşte că permanent avem nevoie de ocrotirea sa".