Născut la 7 septembrie 1912, la Cumpăna (jud. Argeş), pr. Ioan Baltheiser a urmat cursurile Seminarului şi ale Academiei Teologice "Sfântul Duh" din Bucureşti. A fost hirotonit preot la 29 iunie 1937 în catedrala "Sfântul Iosif" din Bucureşti, activând apoi ca prefect la Seminarul "Sfântul Duh" (1937-1939), şi vicar la catedrala din Bucureşti (1939-1951).

În calitate de colaborator apropiat al parohului catedralei "Sfântul Iosif", episcopul Iosif Schubert, pr. I. Baltheiser a fost urmărit asiduu de Securitate prin dosar informativ, deoarece devenise "suspect" de "manifestări duşmănoase" la adresa regimului ateo-comunist, divulgase secretul înmormântării în cimitirul Bellu a episcopului unit Vasile Aftenie, ucis cu sălbăticie de torţionarii securişti în arestul Ministerului de Interne, şi s-a situat de partea rezistenţei anticomuniste prin credinţă.

La 11 mai 1951, pr. I. Baltheiser a fost arestat de Securitate şi anchetat ca lider de "lot", din care mai făceau parte alte 15 persoane nevinovate - preoţi, călugăriţe, fraţi ai Şcolilor Creştine, laici, inclusiv viitorul episcop Iakob Antal, intenţia Securităţii fiind aceea de a afla numele succesorilor la jurisdicţia canonică a Arhiepiscopiei de Bucureşti şi a Episcopiei de Alba-Iulia.

Atât pr. I. Baltheiser cât şi colegii săi de suferinţă au fost anchetaţi de securistul Gh. Enoiu, cel care l-a anchetat cu duritate extremă şi pe fericitul Anton Durcovici, şi care avea să se ocupe de toate "loturile" de preoţi catolici.

La 12 aprilie 1952, în baza unor probe false, Gh. Enoiu i-a trimis în judecata Tribunalului Militar Bucureşti pe membrii lotului Baltheiser, sub acuzaţia de a fi desfăşurat "spionaj în favoarea Vaticanului", şi de a fi trimis "imperialiştilor occidentali", prin curier diplomatic, informaţii de natură politică.

În realitate, preotului I. Baltheiser i-a fost imputat faptul de a fi trimis la Sfântul Scaun trei scrisori în care descria situaţia dramatică a episcopiilor catolice din România după declanşarea persecuţiei comuniste, arestarea episcopilor şi a succesorilor acestora la jurisdicţia canonică şi altele.

Prin Sentinţa nr. 142/22 octombrie 1952, Tribunalul Militar Bucureşti l-a condamnat pe pr. I. Baltheiser la 20 de ani muncă silnică pentru delictul de "înaltă trădare". Va cunoaşte timp de 13 ani regimul de exterminare al închisorilor comuniste, fiind pus în libertate prin Decretul de graţiere nr. 411 din 24 iulie 1964.

După eliberare, pr. I. Baltheiser a activat în Parohia Roman (1964-1972), perioadă în care va fi urmărit din nou prin dosar informativ. Supus şicanelor autorităţilor şi pentru a scăpa de presiunea uriaşă din partea Securităţii, pr. I. Baltheiser a emigrat definitiv din România, la 1 iunie 1972, stabilindu-se în Germania, unde a trecut la cele veşnice în anul 1996.

În diaspora, s-a remarcat ca un colaborator apropiat al Mons. Johann Florian Müller, implicat în acţiunea de strângere de mărturii despre martiriul episcopului Anton Durcovici, şi de popularizare a biografiei eroice a acestuia. Mărturia pr. Ioan (Iancu) Baltheiser despre viaţa de sfinţenie şi martiriul episcopului Durcovici rămâne cea mai valoroasă până la această dată. Printre altele, respectiva mărturie, publicată în lucrarea Mons. Johann Florian Müller dedicată biografiei episcopului Durcovici (a apărut în anul 1992), dezvăluie metodele brutale folosite de Gh. Enoiu cu prilejul anchetelor la care l-a supus pe episcop, precum şi faptul că fotografia înfăţişându-l pe episcopul Durcovici maltratat, bătut cu bestialitate, "frânt", "bolnav", a fost folosită de Gh. Enoiu drept mijloc de intimidare şi descurajare în cadrul anchetelor care-i vizau pe pr. Ioan Baltheiser şi pe ceilalţi preoţi catolici.

Vizualizarea fotografiei a avut însă un efect contrar, susţinându-i şi încurajându-i pe preoţi de a rămâne fideli faţă de păstorul lor aflat, ca şi ei, în suferinţă pentru credinţă.