La 9 septembrie 1901, la recomandarea pr. Lucius Fetz şi a fratelui Egesius, dintre Fraţii Şcolilor Creştine şi director al Şcolilor arhiepiscopale, tânărul Anton Durcovici a fost primit printre alumnii Seminarului Arhiepiscopal "Sfântul Duh" din Bucureşti. A fost admis - în baza certificatului eliberat de Şcoala arhiepiscopală de pe Calea Călăraşilor din Bucureşti - de pr. superior Raymund Netzhammer, OSB, şi examinat de pr. Carol Auner, studiile fiindu-i finanţate de către Damele Engleze de pe strada Pitar Moş din capitala României.
Chiar de la începutul studiilor sale, seminaristul Anton Durcovici s-a dovedit a fi fidel chemării sale preoţeşti, inclusiv prin respectarea Regulamentului şi a programului prevăzut de acesta. Florian Müller îl caracteriza drept "un băiat inteligent şi harnic", calităţi de care a dat dovadă mai ales în studiu, în acelaşi an începând să frecventeze clasa a III-a la Liceul "Sfântul Iosif", condus de Fraţii Şcolilor Creştine. Reprezentativă pentru ceea ce a însemnat pentru seminaristul Durcovici studiul este mărturia mamei sale Maria, care spunea că "şi acasă se aşeza în spatele uşii, cu faţa la perete, pentru a studia nestingherit". Cu toate acestea, a reuşit să încheie primul an de seminar doar cu media 7,11. Eforturile pentru studiu l-au propulsat la sfârşitul clasei a IV-a primul între cinci, cu media de 7,83, având purtarea exemplară, atenţiunea foarte mare şi silinţa foarte mare. Clasa a V-a liceală, pe care a absolvit-o în anul 1904, a încheiat-o tot primul între patru, cu media de 7,38, cu purtarea exemplară, atenţiunea mare şi silinţa foarte mare. Începând cu clasa a VI-a a început cursurile de filozofie, la sfârşitul clasei având media 7,92. De la sfârşitul clasei a VII-a liceale, pe care a urmat-o între anii 1905-1906, datează şi ultimul certificat de studii al seminaristului Anton Durcovici, care se plasează iarăşi pe primul loc între patru alumni, cu media de 8,63. La capătul acestor cinci ani de studii liceale, viitorul episcop de Iaşi a susţinut cu succes examenul de bacalaureat, diploma fiindu-i înmânată de pr. Carol Auner la 6 octombrie 1906. La 23 octombrie acelaşi an i-a fost emis şi Certificatul de maturitate, prin care "studentul Anton Durkowitsch" era declarat "matur pentru studiul sfintei teologii, pe care absolvind-o, va putea fi hirotonit ca preot misionar pentru Arhidieceza latină de Bucureşti".
Paralel cu dedicarea sa studiului, Anton Durcovici a dat dovadă şi de o mare evlavie, observată şi admirată de noul arhiepiscop de Bucureşti, Raymund Netzhammer. Chiar dacă din această perioadă a vieţii sale nu avem vreo mărturie a trăirii sale spirituale, cu siguranţă cei doi stâlpi ai spiritualităţii sale - Euharistia şi iubirea pentru sfânta Fecioară Maria -, preluaţi de la mama sa, s-au maturizat pe parcursul anilor de studii seminariale. Viitorul episcop de Iaşi a fost într-adevăr "cucerit total de iubirea lui Dumnezeu... Toată persoana şi comportamentul său erau umplute de prezenţa lui Dumnezeu", iar "unirea interioară cu Preasfânta Treime era continuă".
Concluzionând cu referire la această perioadă din viaţa fericitului Anton Durcovici, elocvente sunt, pentru a o caracteriza, cuvintele arhiepiscopului Raymund Netzhammer adresate cardinalului Gotti, la 4 august 1906: "Aceşti doi seminarişti (este vorba de Anton Durcovici şi Cristofor Feisthammel) au fost deja admişi sub direcţia mea în Seminarul din Bucureşti şi au fost cu adevărat întotdeauna buni tineri". Această caracteristică de a fi fost "bun tânăr" a făcut ca Durcovici să fie admis printre studenţii din Cetatea Eternă, unde a început să studieze în anul 1906, la Colegiul Urbanian.
