Legea cultelor religioase a fost promulgată de preşedintele României în ziua de 27 decembrie 2006. Având patru capitole (I. Dispoziţii generale; II. Cultele; III. Asociaţiile religioase; IV. Dispoziţii tranzitorii şi finale), Legea o înlocuieşte pe cea veche din 4 august 1948. Imediat după promulgare a trezit din nou nemulţumiri.
Până să se ajungă la semnarea ei, Legea a trecut în regim de urgenţă prin Camera Deputaţilor (13 decembrie 2006), după ce mai înainte trecuse şi prin Senat.
Actualul text a fost semnat de reprezentanţii a 16 culte din cele 18 recunoscute. Nu au semnat Biserica Română Unită cu Roma (Greco-Catolică), principala obiecţie fiind legată de redobândirea bunurilor confiscate de stat în perioada comunistă, şi Organizaţia Religioasă Martorii lui Iehova pentru că nu a participat la dezbateri. Deşi au semnat, reprezentanţii Cultului Baptist, Cultului Creştin după Evanghelie şi Cultului Armean au declarat că au rezerve faţă de forma finală a proiectului.
Imediat după ce a fost semnată de preşedinte, Legea a trezit din nou controverse din partea cultelor religioase, a diverselor asociaţii, a unor oficiali americani şi olandezi. Unele dintre culte şi-au retras semnătura de pe noua lege, altele şi-au exprimat nemulţumirea.
În comunicat se exprimă şi solidaritatea cu "Biserica Greco-Catolică; aceasta nu a semnat proiectul de lege din cauza nerezolvării încă a situaţiei proprietăţilor confiscate, cât şi a delicatei probleme a cimitirelor".
În decursul anilor Biserica Catolică a venit cu propuneri pentru a îmbunătăţi proiectul de lege, cele mai multe regăsindu-se în noua Lege. Astfel, în perioada 2-3 mai 1995, episcopii romano-catolici şi greco-catolici s-au întrunit în sesiunea de primăvară a conferinţei episcopale, la Iaşi. Episcopii şi-au exprimat nedumerirea pentru amânarea neexplicabilă a Legii cultelor şi Legii învăţământului. În zilele de 27 şi 28 mai 1997 a avut loc la Oradea sesiunea de primăvară a Conferinţei Episcopilor din România. O atenţie deosebită s-a dat proiectului Legii cultelor pe care conferinţa l-a analizat subliniind temele care interesează în mod deosebit Biserica Catolică în raport cu această lege: şcoala catolică, baza materială a Bisericii, raportul cu celelalte culte şi în special cu Biserica Ortodoxă Română, restituirea bunurilor confiscate etc. Discutarea Proiectului Legii cultelor a continuat la 11 noiembrie 1997 şi la 4 decembrie 1997 când la Secretariatul de Stat pentru Culte s-au adunat reprezentanţi ai cultelor religioase din România. Din cele 78 de articole câte avea proiectul pe timpul acela, cel mai disputat a fost art. 45, care se referă la învăţământul confesional, reprezentanţii cultului majoritar nefiind de acord cu formularea, considerând-o ca una care promovează prozelitismul. Conferinţa Episcopală Română a exprimat şapte obiecţii la formularea unor articole din viitoarea lege, dintre care unele cu privire la: învăţământul confesional, formula "Biserică naţională", cetăţenia şi domiciliul angajaţilor cultelor, finanţarea instituţiilor şcolare de cult şi a unităţilor de învăţământ confesional. În 1999 Biserica Catolică şi-a exprimat din nou nemulţumirea în legătură cu expresia "Biserică naţională", în legătură cu învăţământul confesional care nu este susţinut de stat, şi în legătură cu faptul că nici un articol din proiect nu face referire la restituirea de imobile ce i-au aparţinut. Despre situaţia proiectului Legii cultelor s-a discutat şi la Baia Mare, în zilele de 25 şi 26 septembrie 2006, când s-a desfăşurat sesiunea de toamnă a Conferinţei Episcopilor din România.
Catolicii au susţinut, de asemenea, necesitatea definirii termenului de prozelitism; au insistat să se introducă şi termenul de cod de drept canonic în loc de statut; au sprijinit dreptul ca fiecare cult să-şi organizeze activitatea după propriile norme, fără ca statul să intervină cu avizări, confirmări sau obligativitatea acordului; la fel şi în ceea ce priveşte formarea, alegerea şi desemnarea personalului de cult sau al ierarhiei. Greco-catolicii au cerut expres reglementarea situaţiei proprietăţilor confiscate după 1948.
